Добейтесь того, чтобы ваш порт принимал во внимание значение переменной WRKDIRPREFIX. Большинство портов об этом не заботятся. В частности, если вы обращаетесь к каталогу WRKDIR другого порта, заметьте, что его правильным местоположением является WRKDIRPREFIXPORTSDIR/subdir/name/work not PORTSDIR/subdir/work или .CURDIR/../../subdir/name/work или что-то подобное.
Кроме того, если вы сами задаете WRKDIR, то должны поставить перед ним знак ${WRKDIRPREFIX}${.CURDIR}.