Поместите все дополнительные команды, требуемые для настройки, в ваш скрипт configure и сохраните его в подкаталоге scripts. Как отмечено выше, вы можете сделать это целями в файле
Makefile и/или скриптами с именами pre-configure или post-configure.
По вопросам связанным с системой портов для FreeBSD, пишите по адресу <ports@FreeBSD.org>.
По вопросам связанным с этом документацией, пишите по адресу <doc@FreeBSD.org>.